Développement d'outils innovants

Dans le cadre de nos recherches, nous sommes amenés à développer des outils de bio-informatique ou de biologie cellulaire et moléculaire. Certains de ces outils sont mis à disposition de la communauté scientifique.

  1. Outils bioinformatiques
  2. Outils cellulaires et moléculaires

Outils bioinformatiques

Pour pallier l'absence de solution appropriée, nous sommes impliqués dans le développement de plusieurs programmes et outils dédiés à l'analyse et à la diffusion de données de génomique, notamment: 
i) AMEN (Annotation, Mapping, Expression and Network), un outil d'analyse et d'exploration des données de puces à ADN; 
ii) GPSy (Gene Prioritization System), un système de hiérarchisation de gènes permettant la priorisation des gènes candidats issus d'approches à haut-débit (transcriptomique, protéomique...) en vue d'analyses fonctionnelles approfondies; 
iii) RGV (The ReproGenomics Viewer), un environnement de travail multi-espèce et inter-espèce pour la visualisation, l'extraction et la comparaison des données de séquençage à ultra-haut débit dans le domaine de la biologie de la reproduction;
iv) PepPSy (Peptide Prioritization System), un système de priorisation basé sur l'expression génique visant à déterminer dans quel(s) tissu(s) les protéines humaines n'ayant encore jamais été identifiées ou mises en évidences doivent être recherchées; 
v) TOXsIgN (TOXicogenomic sIgNature), un nouvel espace de dépôt public de signatures toxicologiques. Cette base de données multi-espèce fournit un environnement flexible et ouvert qui facilite la soumission en ligne et la récupération des signatures toxicologiques déposées par la communauté scientifique;
vi) GeneULike, un espace de dépôt public pour les listes d'entités biologiques (gènes, transcrits, protéines) résultant de l'analyse des données de génomique à haut débit (en cours de développement).

Outils bioinformatiques

Outils cellulaires et moléculaires

Nous nous consacrons au développement de systèmes de culture innovants et de méthodes de biologie moléculaire, notamment: i) des cultures originales d'organes humains adultes et fœtaux (testicules, prostate, vésicule séminale, côlon, exocol, rein ...); ii) une nouvelle méthode appelée LAMP (Long Amplicon Melt Profiling) pour le criblage rentable et robuste de grands ensembles de produits de PCR.

Nous sommes une plateforme labellisée ANRS pour la détection ultra-sensible du VIH / SIV dans les tissus associée à l'identification des types cellulaires infectés par hybridation in situ et immunofluorescence 4 couleurs.

Outils cellulaires et moléculaires