Axe 1 | Génomique et protéomique de la méiose et de la gamétogenèse

  1. Compléter le protéome testiculaire humain et épididymaire
  2. Fonction et potentiel de traduction des ARNlnc chez la levure
- - Proteogenomics - -

Compléter le protéome testiculaire humain et épididymaire

Porteurs du projet : Charles Pineau et Emmanuelle Com

Nous participons à un effort mondial pour compléter le protéome humain en mettant l'accent sur les protéines jamais encore détectées ou «protéines manquantes ». Beaucoup d'entre elles sont présentes dans la lignée germinale testiculaire ou dans les cellules épidydimaires et ont des fonctions spécialisées dans le développement de la lignée germinale, la spermiogénèse, la maturation du sperme et / ou la fertilité. Nous allons affiner nos méthodes actuelles pour détecter les protéines dans des échantillons de cellules germinales masculines enrichies afin de réduire davantage le seuil de détection actuellement réalisable dans le domaine de la spectrométrie de masse. En utilisant des stratégies de protéogenomique, nous cherchons également à produire des preuves d'événements codants précédemment inconnus dans la lignée germinale humaines. Cela nous permet de caractériser de nouveaux loci ou isoformes et contribue à l’amélioration de l'annotation du génome humain grâce à des évidences au niveau protéique.

Publications pertinentes : PubMed

Fonction et potentiel de traduction des ARNlnc chez la levure

Porteurs du projet : Michael Primig, Emmanuelle Com et Charles Pineau.

Les longs ARN non-codants (ARNlnc) sont définis comme des transcrits qui possèdent un faible potentiel de traduction en protéine. Les études de profilage de l'ARN au niveau génomique chez les principaux organismes modèles et les humains ont identifié des milliers d'ARNlnc dont un grand nombre est sous contrôle de l'exoribonuclease 3'-5' Rrp6 (EXOSC10 chez les mammifères). Un nombre croissant d'entre eux est connu pour remplir des fonctions importantes pendant la division et le développement cellulaire, par exemple par la formation d'ARNs double brin (ARNdb) par des paires de transcrits sense/antisense qui se chevauchent. Cependant, des travaux récents ont montré que certains ARNlnc sont liés par des ribosomes et peuvent coder des peptides biologiquement stables et actifs.  Une fraction substantielle des spectres de masse obtenus lors d’analyse protéomique ne pouvant être attribuée à des cadres de lecture ouverts majeurs. Cela soulève aussi la possibilité qu'un génome eucaryote simple puisse coder plus de (petites) protéines et peptides que ceux qui sont connus actuellement. Certain spectres pourraient correspondre aux uORFs (upstream ORFs) presents dans des regions 5' non-traduits (5'-UTRs).  D'autres spectres pourraient identifier des protéines potentiellement codés par des ARNlnc dont l’annotation serait incorrecte.

Publications pertinentes : PubMed
Financements : Inserm | Université de Rennes 1 | La Ligue Contre le Cancer